Der har været mennesker i området ved Rørbæk Sø siden den tidlige stenalder og formentlig også før. Godset kan dateres tilbage til 1487, hvor den endnu blot var en bondegård. Sidenhen har den været i adelige slægter og skiftet status fra bondegård til hovedgård og siden herregård, for i dag at have status som gods.
I dag drives Rørbæk Hovedgaard Gods af Charlotte Blinkenberg og Bo Anders Olesen. Godset er en moderne og veldreven enhed hvor jordbrug, jagt og skovbrug drives med fokus på optimering af biodiversitet.